Fils de musiciens, John Frusciante possède un talent naturel pour la guitare et il joue dès son plus jeune âge des morceaux de ses artistes préférés tels que Frank Zappa et Jimi Hendrix dont il avait déjà acquis la technique de jeu très complexe. Son talent, son esprit travailleur et punk le poussèrent à se consacrer entièrement à la musique. À 15 ans il voit les Red Hot Chili Peppers pour la première fois sur scène, il est impressionné par ce groupe dont l'énergie et l'originalité est débordante. Il est également fasciné par le jeu de Hillel Slovak, et ce dernier devient rapidement sa principale référence musicale. À 17 ans il quitte sa maison et vit à Los Angeles. Il passe une audition pour entrer dans le groupe de Frank Zappa, mais à la dernière minute alors qu'il était à l'audition il ne joua aucune note. Il voulait intégrer un groupe mais pas celui-là. John depuis un certains temps avait pris l'habitude de suivre les Red Hot Chili Peppers en concert et finit par faire leur connaissance. Ils savent qu'il joue de la guitare et lui conseillent de passer une audition pour le groupe d'un de leurs amis. John ravi de pouvoir jouer avec un représentant de la scène underground accepte et passe l'audition. Flea et Anthony (le bassiste et le chanteur des Red Hot Chili Peppers) étaient présent et furent tellement impressionnés par sa prestation qu'il lui proposèrent d'intégrer leur groupe, Hillel Slovak étant mort d'une overdose. John n'avait que 18 ans et intégra son groupe préféré !
John enregistra avec le groupe deux albums Mother's Milk en 1989 et Blood Sugar Sex Magik en 1991. Les albums furent des succès et propulsèrent le groupe au sommet mais en 1992, en pleine tournée mondiale à Tōkyō, John annonce son départ du groupe. Depuis un certain temps il ne se sentait plus très bien, il était déprimé. John se construisait une relation spirituelle avec sa musique et plus cette relation prenait de l'ampleur plus il méprisait son statut de Rock star. Pendant la tournée cela lui devenait insupportable à tel point qu'il pensa au suicide. De plus John avait commencé à prendre de l'héroïne, si bien qu'après son départ du groupe, il passa six années à se detruire à l'héroïne et la cocaïne. Pendant cette période délicate John sortit deux albums Niandra LaDes and Usually Just a T-Shirt en 1994 et Smile From the Streets You Hold en 1997, les deux albums ont été retirés de la vente en 1998 sur une demande de Frusciante lui-même qui venait de réintégrer les Red Hot. Le premier est un très bon album, original et brut que ses fans apprécient énormément et qui sortira même à nouveau en 1999, par contre le second est un album très difficile à écouter, c'est véritablement un voyage dans le monde d'une personne qui a sombré dans le piège de la drogue. À l'époque John l'avait sorti car il avait besoin d'argent pour se procurer de la drogue, en effet John était au bord du gouffre, il était ruiné, vivait seul coupé du monde.
Fin 1997, Flea et Anthony sont également au bord du gouffre... musical. Dave Navarro qui repris le flambeau à la guitare avec honneur deux ans auparavant quitte le groupe. Les deux membres fondateur des Red Hot apprennent que John est ruiné et sans abri et qu'il veut arrêter de se droguer. Flea convaint Anthony de reprendre John dans le groupe. Il retrouve donc le groupe et en juin 1999 sort Californication, un des plus grands succès du groupe. Cet album marque le retour gagnant d'un John plus fort que jamais. De nombreux magazines tel que Rolling Stone acclament le come-back du guitariste prodige. Cette album tranche énormément avec tous les autres précédents (beaucoup plus que One Hot Minute très critiqué pour cette raison). Le style est beaucoup plus pop et le jeu de guitare est minimaliste (cela peu en partie s'expliquer par le fait que John, rongé par la drogue ai laissé de coté sa guitare pendant de nombreux mois). Cependant il reste très expressif et les mélodies très abouties malgré l'absence de "gros solo".
En 2002 le groupe sort By the Way, leur dernier succès en date. Cet album est dans la même continuité que l'album précédant.
Les autres membres du groupe avouent avec fierté que le groupe tourne désormais autour de John et de son immense talent. Il est souvent considéré comme " Le dieu vivant de la guitare ", grâce à son jeu hors du commun et à son énergie.
Sa carrière avec les Red Hot Chili Peppers mise à part, en 2001 John sortit un magnifique album solo d'une sincérité poignante, To Record Only Water for Ten Days. Cet album marqua un changement de style pour John par rapport à ses deux premiers albums. Suite à cet album John fit en 2001 une mini tournée en Europe, à Paris, Londres, Amsterdam... Toujours en 2001 John mit sur son site officiel un album gratuit pour ses fans, qui l'appelèrent From the Sounds Inside.
En 2004, John Frusciante réalise un projet qui lui tient très a c½ur, celui de sortir 6 albums en 6 mois. Il sort d'abord en février un magnifique album acclamé par la critique, Shadows Collide With People. John en est très fier et ne s'en cache pas et il annonce alors son projet complètement fou. Il sort d'abord The Will to Death en juin suivi de Automatic Writing qui sort sous le nom d'Ataxia, le groupe que John forme avec Josh Klinghoffer à la batterie et Joe Lally à la basse. Puis sort DC EP, un mini album de quatre chansons impressionnant, où John est en train d'atteindre sa maturité musicale.
Le suivant Inside of Emptiness aux sonorités hard-rock sort en octobre et sera suivi par A Sphere in the Heart of Silence album électro qui sort sous le nom de John Frusciante et Josh Klinghoffer. Finalement John atteint son objectif avec l'exellent Curtains au titre évocateur, un album acoustique qui clot cette série.
En 2006, parallèlement à l'enregistrement puis à la promotion du nouvel album Stadium Arcadium des Red Hot Chili Peppers, il a écrit 17 chansons qu'il prévoit de mettre sur un nouveau disque, sans pour autant préciser une date de sortie.
